O Colégio Auxiliadora foi fundado em 29 de março de 1954, pelas Irmãs Salesianas, Filhas de Maria Auxiliadora, por solicitação e total apoio do Padre José Costinni, Padre Carlista e vigário de Campos Novos. O primeiro colégio localizou-se na Rua do Expedicionário nº 323, onde está a atual Prefeitura Municipal. Sua primeira diretora foi a Ir. Eugênia Leite, e a Inspetora da época, Ir. Palmira Ghisoni.

Ao longo dos anos teve como diretoras:

•  Ir. Eugênia Leite - 1954 – 1959
•  Ir. Giovana Gino - 1960
•  Ir. Cacilda Werner - 1961 – 1966
•  Ir. Maria Pereira Braz - 1967
•  Ir. Inês Theotonia Thiesen - 1968 – 1973
•  Ir. Tecla Zaydowicz - 1974 – 1979 e 1987 – 1992
•  Ir. Cecilia Brys - 1980
•  Ir. Lina Mondini - 1981 – 1986
•  Ir. Maria Ana Vegini - 1993 – 1996
•  Ir. Maria Ivone Ranghett - 1997 – 1998
•  Ir. Arlete Sandri - 1999
•  Ir. Helena Dalmonico - 2000 – 2005
•  Ir. Maria Floriani - 2006 – ...

Sob o título de “Patronato Auxiliadora”, a obra tinha por finalidade especial, a educação cristã de crianças e jovens e acolher as vocacionadas para as Missões Salesianas do Amazonas, sob o prelado Missionário D. Pietro Massa, que deu maior apoio e força para que este sonho se concretizasse.

Em 1954 o Colégio iniciou as suas atividades com 62 alunos matriculados de 1ª a 4ª série do Ensino Fundamental, antigo primário, já em 1955 foram matriculados 88 alunos incluindo a classe da 5ª série do ginasial. Em 1959 as Irmãs se mudaram para o atual Colégio, que ainda se encontrava em construção, mas que já podia acolher melhor tanto a comunidade quanto a escola.
Em 1962 foram abertas as matriculas para o Curso Normal, quando a primeira turma conclui seus estudos no ano de 1964 com 16 alunas. Mais tarde, em 1977 foi oferecido a comunidade de Campos Novos o Curso em Habilitação de Laboratorista de Análises Clínicas em nível de 2º grau, correspondendo ao Ensino Médio Profissionalizante.
Faz parte da história do Colégio o curso de Educação de Jovens e Adultos - Ensino Médio, que passou a ser oferecido a partir de 18 de agosto de 1998 com 21 alunos matriculados no turno da noite. A 1ª turma celebrou a sua conclusão no dia 21 de dezembro de 1999.

Em 2001, deu-se início ao grupo de Salesianos Cooperadores, num esforço conjunto para o atendimento de realidades mais necessitadas, incrementando a AJS e a Infância Missionária.

Desde 1964 até 2008 concluíram seus estudos no Ensino Médio 1197 alunos.

Hoje o Colégio Auxiliadora conta com aproximadamente 550 alunos distribuídos nos cursos de: Educação Infantil, Ensino Fundamental e Ensino Médio.

As Irmãs, desde a fundação da instituição, contribuem nas atividades paroquiais e de promoção humana e social atendendo várias comunidades.

O Colégio Auxiliadora em resposta aos desafios de cada tempo, implantou em 2007:
Projeto Social “Esporte e Saúde ao Alcance de Todos – ESAT”, com o objetivo de proporcionar momentos de lazer e prática do seu esporte preferido, em ambiente propício e saudável com acompanhamento de profissionais, despertando na criança e no jovem o desejo e a expectativa de conquista do seu espaço na sociedade. Atendendo as crianças e jovens dos bairros.
Reiniciou as atividades com grupos de ex-alunos.

Investiu na inovação e modernização de espaços importantes da escola, tais como: restruturação e informatização da Biblioteca, restruturação e modernização dos Laboratórios de Ciências e Informática.

Ingressou no regime de Ensino de 9 anos para o Ensino Fundamental, segundo a Lei n.º 11.114/2005.

Em 2008, o Colégio Auxiliadora inova mais uma vez, dando um salto qualitativo e tecnológico, saindo na frente como primeira escola da região a implantar o sistema acadêmico integrado, abrangendo todos os setores da escola e permitindo aos pais o acompanhamento escolar de seus filhos e controle financeiro; aos alunos a visualização dos conteúdos contidos nos diversos componentes curriculares, via Internet.