Sob o título de “Patronato Auxiliadora”, a obra tinha por finalidade especial, a educação cristã de crianças e jovens do lugar e recolher Aspirantes Missionárias para as Missões Salesianas do Amazonas, sob o prelado Missionário D. Pietro Massa, que deu maior apoio e força para que este sonho se concretizasse.
Em 1954 o Colégio iniciou as suas atividades com 62 alunos matriculados de 1ª a 4ª série do Ensino Fundamental, antigo primário, já em 1955 foram matriculados 88 alunos incluindo a classe da 5ª série do ginasial. Em 1959 as Irmãs se mudaram para o atual Colégio, que ainda se encontrava em construção, mas que já podia acolher melhor tanto a comunidade quanto a escola.
Em 1962 foram abertas as matriculas para o Curso Normal, quando a primeira turma conclui seus estudos no ano de 1964 com 16 alunas. Mais tarde, em 1977 foi oferecido a comunidade de Campos Novos o Curso em Habilitação de Laboratorista de Análises Clínicas a nível e 2º grau, correspondendo ao Ensino Médio Profissionalizante. Hoje o Auxiliadora conta com Educação Infantil , Ensino Fundamental e Ensino Médio.
Faz parte da história do Colégio o curso de Educação de Jovens e Adultos - Ensino Médio, que passou a ser oferecido a partir de 18 de agosto de 1998 com 21 alunos matriculados no turno da noite. A 1ª turma celebrou a sua conclusão no dia 21 de dezembro de 1999.
Desde 1964 até 2007 concluíram seus estudos no Ensino Médio 1175 alunos.
Hoje o Colégio Auxiliadora conta com aproximadamente 550 alunos distribuídos nos cursos de: Educação Infantil, Ensino Fundamental e Ensino Médio. Oferece aulas de Informática e atividades extra curriculares: música, dança, esporte, teatro, oratória, artes e outros.
A comunidade acolhe jovens internas que são acompanhadas em sua formação para discernimento de sua própria vocação.
As Irmãs contribuem nas Atividades Paroquiais, promoção humana e social. Várias comunidades foram atendidas pelas Irmãs, como: Pedreira, Bairro Bom Jesus, Bairro Aparecida, Passo da Bica (hoje, Rua Auxiliadora) e outros.
Sempre que se retorna em alguns locais por onde as Irmãs trabalharam, mesmo em capelas do interior, é com carinho e gratidão que o povo pergunta pelas Irmãs que por lá passaram, reconhecendo nelas uma bênção de Deus para o povo.
Hoje, esse trabalho vem enriquecido também pelo grupo de Salesianos Cooperadores (constituído em 2001), num esforço conjunto para o atendimento de realidades mais necessitadas, incrementando a AJS e a Infância Missionária.
Em 2007, o Colégio Auxiliadora realizou o Projeto Social “Esporte e Saúde ao Alcance de Todos - ESAT”, que terá continuidade em 2008, com o objetivo de proporcionar momentos de lazer e prática do seu esporte preferido, em ambiente propício e saudável com acompanhamento de profissionais, despertando na criança e no jovem carente o desejo e a expectativa de conquista do seu espaço na sociedade. Atendendo as crianças e jovens principalmente dos bairros Nossa Senhora de Lourdes e Aparecida.
Também em 2007, foi reiniciado as atividades com grupos de ex-alunas(os) do Colégio.
